El Sistema Digestivo se ve gravemente alterado en los casos de insomnio crónico ya que, además del desajuste horario de comidas consecuencia del propio insomnio, el aparato digestivo realiza funciones importantes durante el sueño.

• Alteración del tracto intestinal que se realiza durante el sueño produciéndose probables estreñimientos o diarreas y dispepsias o indigestiones.
• Falta de apetito producida por una alteración en la síntesis de leptina.
• A consecuencia de todo lo anterior son probables las inflamaciones intestinales, diverticulitis y gastroduodenitis.
• La falta de energía por el sueño insuficiente puede conducir a un sedentarismo con una mayor tendencia a acumular grasa y desajustes en la síntesis de insulina que pueden llegar a causar diabetes (sobretodo en edades superiores a los 50 años).